قبةالخضراء يا گنبد سبز بربالاي رواق مقبره مولانا قرار گرفته است. چنانكه در پيش گفتيم بارگاه مولانا در جايي بنا شده كه سابقاقسمتي ازباغ علاءالدين كيقباد بودكه آنرا به پدرمولانا بخشيد و چون بهاءالدين ولد را در آنجا به خاك سپردند آنرا «ارم باغچه» ناميدند. ساختمان اين بارگاه بعد ازوفات مولانا آغاز شد، و در سال 1274 ميلادي مطابق با 673 هجري به پايان رسيد. اين بنا به نقطه گورجو خاتون زن سليمان پروانه، واميرعلاءالدين قيصر، و سلطان ولد، و به دست معماري هنرمندبه نام بدرالدينتبريزي ساخته شده بودويك شبستان ويك بامهرمي داشت. سپس در حدود سال 1396 ميلادي ابنيه ديگري بر آن افزوده شد. درزمان بايزيد دوم (1481ـ1512) ديوارهاي شرقي و غربي آنرا بر داشته و بناهايي بر آن افرودند و گنبد خضراء را برافراشتند. امروز اين بارگاه بنايي مربع و داراي 25 مترارتفاع است. گنبد اصلي اين بارگاه پوشيده از كاشيهاي لاجوردي است و از آنجهت آنرا گنبد سبز يا قبةالخضراء نامند. اين گنبد در پائين به صورت استوانه و در بالا مخروطي كثيرالضلاع است كه بر عرشه آن ميلهاي از طلاوجقهاي هلالي نصب كردهاند. اين گنبد به تعداد ائمه اثنيعشر داراي دوازده ترك است و شباهت بسياري به كلاه صوفيان قزلباش دارد، و ظاهرا معمار آن مردي شيعي مذهب بوده است. سه مناره در طرفين اين گنبد قرار گرفته كه منارههاي چپ متعلق به مسجد سليميه و مناره طرف راست به مسجد كوچك تربت مولانا است.
برديوارشرقيزيرپنجرهگنبدمولاناباخطكوفي اين عباراتآمده است: «اعوذبالله منالشيطانالرجيم بسماللهالرحمنالرحيم نقشتالقبةالخضراء في ايام دولةالسلطانالمؤيد بتابيد اللهالمستعان بايزيدبن محمدخان علي يدالعبد الضعيف المولوي عبدالرحمن بن محمدالحلبي وانشد في تاريخه هذينالبيتين :
هر كه خدمت كرد او مخدوم شد هر كه خود را ديد او محروم شد زير گنبد،
قبر مرمرين مولانا و پسرش سلطان ولد قرار دارد.
قبر مولانا پوشيده ازاطلس سياهي است كه توسطسلطان عبدالحميد دوم در1894هديه شده است. براين اطلس آياتي از قرآن با مهر پادشاهي نقش گرديده و خطاط آن حسن سري بوده است. ضريح اصلي مولانا از چوب بود و درقرن شانزدهم آنرا ازآنجا برداشته وبر قبر پدرش بهاءالدين ولد قرار دادند. ضريح بلندمولاناشاهكاري ازمنبتكاري دوران سلجوقيان روم است و آن توسط دو هنرمند يكي به نام سليم پسر عبدالواحد وديگري به نام حسامالدين محمد پسر كنك كندهكاري شده و در پيشاني و پهلو و عقب اي ضريح آياتي قرآني و اشعاري عرفاني از مولانا آمده است .
